故事發生在1969年的日本，主角淺蔥まりん是個孤兒，與拾她回來的婆婆，和在長屋居住的人們相依為命。雖然家貧困累受人欺負，但她還是毫不氣餒努力求生。 某一日，來自異世界的生化兵器突然攻擊まりん，逃避中的まりん，因ロロ的幫助在神社中拿起寶瓶，誤打誤撞下喚醒封在其中的異世界生化兵器，男主角メラン‧ブルー。 雖然メラン武功高強，還有不少同伴挺身保護瑪琳，但來勢兇兇的攻擊還是殃及池魚，令瑪琳被認為動亂元兇而給眾人孤立與排擠，而被認定為叛徒メラン也給昔日的同伴追殺著，最後被排擠的兩人，故事會如何發展下去呢？另究竟誰才是一切的事端的元兇呢？ BRIGADOON是借用了美國歌劇作家 A. J. Lerner 與作曲家 F. Loewe 1947年共同創作的音樂劇《布里加東》中的劇段，該劇是描繪的一座蘇格蘭城鎮，每一百年出現一次。同樣地，《BRIGADOON まりんとメラン 》中BRIGADOON也是每隔一百年就會接近地球，在接近時會引發名為等量崩壞的兩世界物質交換的現象，需要名為「marin」的生化兵器在「帕斯卡之日」這一天舉行儀式讓兩世界遠離恢復正常。 可能會認為之前的引子說得誇張，這些可
